大ヒットアニメ「ラブライブ！」プロジェクトの新作として2016年7～9月に第1期、17年10～12月に第2期が放送され、作品から生まれたアイドルユニット「Aqours（アクア）」も人気を集めている「ラブライブ！サンシャイン!!」の劇場版静岡県沼津市を舞台に、私立浦の星女学院に通い、スクールアイドル「Aqours」として成長していく9人の少女たちの姿を描いたテレビシリーズに続く、完全新作ストーリーが描かれる。スクールアイドルの祭典「ラブライブ！」で優勝を果たした高海千歌ら「Aqours」だったが、新たな学校への編入の準備を進める2年生や1年生に、想定外のトラブルが発生。さらに、卒業旅行に向かった3年生と連絡が行方不明になってしまい……。