运动万能、拥有正义感，在班上最受欢迎的美墨莎莎成绩优秀，永远是班上的第一名，但其实有点天真的雪城乃香，两人同是就读菲诺奈学院女子中学部二年级的学生。某一天，莎莎和乃香各自遇见了不可思议的神奇生物美波和米波，他们由于故乡光之园遭到邪恶的攻击，因而逃到虹之园来。然后，莎莎和乃香被美波和米波赋予神奇的力量，携手变身成光之美少女Pretty Cure。性格和兴趣都完全相反的两个人将同心协力，和来自闇之领域的邪恶敌人展开战斗。